El club compitió en el Grupo 16 de Primera Nacional B la temporada 2008-2009. La falta de apoyo económico hizo que F.S. Pozo de Guadalajara, tras realizar una brillante campaña en su debut en la categoría tuviera que abandonarla. 

Actualmente el equipo no ha desaparecido, ya que compite en la División de Plata de la liga local de Guadalajara, con el objetivo de volver lo más pronto posible a la categoría nacional con un equipo joven y competitivo como el de su primera andadura. Para ver la actual plantilla, pinche aquí.

Para ver la clasificación del equipo, se puede consultar aquí.